quopriモジュールを使うと、quoted-printableのエンコードができます。

#!python

import quopri

#エンコードするファイル
input = open('input.txt')
#エンコードした内容を保存するファイル
output = open('output.txt', 'w')
#空白文字やタブを変換するかどうか制御するフラグ
quotetabs = True
#エンコードする
quopri.encode(input, output, quotetabs)