Doteconvのバージョン1.5.5a(ベータ版)の一番大きな変更点は、変換時のメモリ消費量の削減です。パラメータにもよりますが、50000件のメールを変換してもメモリ不足にならないと思います。
実は、バージョン1.5.xで追加している機能の多くは、バージョン1.6で実装する予定のタイマー機能の布石です。メモリ消費量の削減も、常駐するソフトがメモリを浪費してはいけないので、対応しました。
ダウンロードのページに書いた「内部的にいろいろ変えたので、思わぬところにバグがあるかもしれません。」も、タイマー機能の実装を見据えての内部的な変更による副作用の心配です。たぶん問題ないはずですけどね。