[Vine Linux 3.2][1] で [Atok for Linux][2] を使用しています。
[Emacs のウインドウ下の ATOK 表示を消したい][3] というTipsを発見しました。
早速、~/.Xresources に
Emacs*ximStatusArea: false
を追記した後、ログインし直すと、見事に消えました。感謝。
[1]: http://vinelinux.org/
[2]: http://www.justsystem.co.jp/linux/atok.html
[3]: http://linux2ch.bbzone.net/index.php?ATOKFAQs#content_1_27